Po sametové revoluci se část exilové komunity vrátila do původního pražského kláštera, část však zůstala v Itálii, včetně tehdy už bývalého opata Maura Verzicha, který dožil v klášteře San Miniato ve Florencii. Komunitu vedl P. Cyril Stavěl jako převor; krátce po převzetí klášterních budov v říjnu 1990 však zemřel. Jeho nástupcem se stal P. Vojtěch Engelhart, na němž následně spočinul úkol navrátit Emauzy do povědomí jako sídlo benediktinského řádu. Symbolem obnovy duchovního významu Emauzského opatství se stala rekonstrukce interiéru klášterního kostela zakončená roku 2003. Kostel byl tak otevřen pro veřejnost a po desetiletích odmlky jsou v něm opět pravidelně slouženy mše svaté.